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O software marcará todos os itens a serem escaneados na mesma cor, o que significa que, por padrão, eles deveriam ser escaneados em conjunto. Ao clicar em um dos itens para escanear, o dente mudará de cor e criará um segundo grupo de escaneamento. Clique então em todos os itens a serem escaneados nesse segundo grupo de escaneamento. Ao clicar uma segunda vez em um dos itens já selecionados, um outro grupo de escaneamento será criado e marcado em uma terceira cor. Esta operação pode ser repetida quantas vezes quiser, lembre-se de que "todos os itens marcados na mesma cor serão escaneados juntos".
O software não pode saber qual marcador é escaneado em qual posição, portanto, exigirá que o usuário identifique cada scanbody. O procedimento de identificação será explicado na página Editar Ferramentas.
