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Le logiciel va marquer tous les éléments à numériser avec la meme couleur, ce qui signifie que, par défaut, ils devront etre numérisés ensemble. En cliquant sur l'un des éléments à numériser, la dent change de couleur et un deuxième groupe de numérisation sera créé. Cliquer ensuite sur tous les éléments à numériser dans ce deuxième groupe de numérisation. En cliquant une deuxième fois sur l'un des éléments encore sélectionné, un autre groupe de numérisation sera créé et marqué d'une troisième couleur. Cette opération peut etre répétée autant de fois que l'on veut, se rappeler que tous les éléments marqués de la meme couleur seront numérisés ensemble.
Le logiciel ne peut pas savoir quel marqueur est numérisé en quelle position, l'utilisateur devra donc identifier chaque marqueur. La procédure d'identification sera expliquée à la page Editer outils.