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Die Software markiert alle Elemente, die gescannt werden, mit der gleichen Farbe. In der Default-Einstellung bedeutet das, dass sie zusammen gescannt werden. Durch Anklicken eines der Elemente, die gescannt werden sollen, wechselt der Zahn die Farbe und es wird eine zweite Scan-Gruppe angelegt. Klicken Sie anschließend alle Elemente an, die in dieser zweiten Scan-Gruppe gescannt werden sollen. Durch erneutes Anklicken eines bereits ausgewählten Elements wird eine weitere Scan-Gruppe angelegt und in einer dritten Farbe markiert. Dieser Vorgang kann beliebig oft wiederholt werden. Es darf dabei aber nicht vergessen werden, dass alle Elemente, die in der gleichen Farbe markiert sind, zusammen gescannt werden.
Wenn diese Prozedur verwendet wird, weiß die Software nicht, welches Element in welcher Position gescannt wird. Der Benutzer wird deshalb dazu aufgefordert, die Marker einzeln zu identifizieren. Die Identifizierungsprozedur wird auf der Seite Bearbeiten-Werkzeuge ausführlich erläutert.