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Per completare il loro scopo, i marker devono essere allineati alla libreria impianti: una rappresentazione virtuale, geometrica ed accurata dello scanbody che deve essere avvitato sull'analogo di gesso per identificare la sua posizione.
L'allineamento alla libreria può essere effettuato sia in Exocad che nel software di scansione. Dato che il mercato delle librerie e degli scanbodies è così variegato, è possibile che alcune librerie non funzionino nel nostro sistema.